专项应付款是指按照工程特点和财务管理要求，在建设单位与承包单位履行合同或其他规定的款项及税费之外，在合同金额内与施工单位签定的专门用于管理工程质量、安全文明施工、环境保护、突发事件应急处理、工程质量鉴定及工程保修等项目的付款。
1. 细化专项应付款管理
专项应付款管理应该遵循一个原则，即“什么费用都要发票”，这样才能有效地保障各参建方的合法利益。同时，建设单位还需在合同约定的程度内，细化专项应付款管理，将大额的专项应付款拆分为多个小单位，把中标单位的应付款项拆分到相应的施工阶段，在建设过程中进行分次分阶段支付。
2. 加强专项应付款监控
在合同约定的范围内，建设单位的财务部门应设立专门的账户，用以专项应付款的管理和监控。建立专项应付款台账，将每一笔支出资料详细记录，包括支出时间、支出金额、收款方、发票号码、发票附件等信息，实现对专项应付款进行科学、规范、有效的监控。
3. 严控专项应付款支出
建设单位应在合同约定的范围内，合理制定专项应付款的支付计划和管理办法，确保专项应付款的支出及时、科学、规范，严禁对施工单位存在的违法违约行为给予专项应付款的支持。
4. 加强与施工单位的沟通
加强与施工单位的沟通是规范专项应付款管理的关键。建设单位需要在施工单位方面寻求信任、建立良好的沟通渠道，同时，建议建设单位将专项应付款管理的文件做成规章制度，通过集中培训、通报表扬等方式，督促施工单位严格按照制定的规定执行，营造出“共建共赢”的良好氛围。
